但是秦始皇陵埋藏丰富，必然会引起各种人物的觊觎。据记载，东汉末年赤眉起义军、魏晋后赵时期统治者石勒和石季龙、唐朝末年黄巢起义军等都盗掘过始皇陵墓地下宫殿可能没有被盗已出土的两乘铜车马位于秦始皇陵封土下面地宫西墓道的耳室里。有史料记载秦始皇陵地宫普遭火焚和洗劫，如果真是这样，那墓道旁的随葬品应该首先遭到破坏。
钻探资料表明，秦始皇陵地宫四周均有4米厚的宫墙，宫墙还用砖包砌起来，并且找到了若干个通往地宫的甬道，发现甬道中的五花土并没有人为扰动破坏的迹象。只发现两个直径1米，深度不到9米的盗洞，但这两个盗洞均远离地宫，尚未进入秦始皇陵地宫之内。此外，秦始皇陵地宫中存在大量水银的事实，更是其未遭到盗掘的有力证据。因为地宫一旦被盗，水银就会顺盗洞挥发掉。由上述理由可以推断，秦始皇陵地宫可能没有被盗。随着最新科技手段的运用，地宫是否被盗掘和焚毁的真相将会大白于天下。
但也有人认为司马迁写《史记》，距秦始皇人葬仅百余年。司马迁《史记》中有专门篇章论述秦始皇，但对陵墓被毁一事，却只字未提，而六百年后的郦道元却做了详细记述。这不能不令人生疑。
新中国成立后，我国考古工作者对秦始皇陵进行了探察，尤其在秦兵马俑发现之后。考古工作者在地宫周围打了两百多个探洞，只发现了2个盗洞，一个在陵东北，一个在陵西侧，盗洞直径约 90厘米，深达9米，但离陵中心还差250米，都没进入地宫。现在，这两个盗洞部己被探埋地层之中，表面完全看不出来了。至于封土层，除当年国民党军队留下的几个战壕外基本完整。考古工作者还用先进的仪器探测到地下确有大量的水银和金属存在。
根据封土层未被掘动、地宫宫墙无破坏痕迹以及地宫中水银有规律分布等情况，可以得出地宫基本完好、末遭严重破坏和盗掘的结论。班固、郦道元所说的项羽掘墓、地宫失火之说是不可靠的。据估计，当年项羽盗毁的可能是陵园的附属建筑。如确实如此，始皇陵又将是一座举世无双的地下宫殿，对秦始皇尸体能起防腐作用，但由于秦始皇死后尸体已经腐烂，我们不能见到他的面目了!
虽然如此，秦始皇陵至今仍然有着许多未解的谜题。创下了如此丰功伟绩的“千古一帝”在他死后却为后人留下了惊天谜团，中国考古学家们1974年春季就已经发现了秦始皇陵，而且秦始皇的埋身之处也已经找到，但是几乎整整40年过去了，考古团队却从来没有要开棺的意思，一直以陵墓中探测到水银含量严重超标来搪塞外界……难道秦始皇陵墓真的中藏着不为外界所知的惊天之谜?
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