有学者发现，一直以来美杜莎从美女变成怪物的传说都和雅典娜紧密相连。在雅典娜神像的表现上，多座神像的胸口或者盾牌上都有美杜莎的头像。
希罗多德在《历史》卷四中则这样记述，雅典娜是波塞冬和特里同尼斯水泽神女的女儿，由于某种原因与父亲闹翻，便投到宙斯那里，宙斯收留她为自己的女儿。而另有一个版本说，美杜莎也是波塞冬的女儿。还有一个版本说美杜莎是雅典娜的女祭司。在古时候，祭司可以直接代表神明，这是任何时代都默认的一项规则。
因此也有人认为，美杜莎和雅典娜本是同一人，美杜莎代表着一个时间段的雅典娜，只是随着历史的推移，不同时期的神话创造者根据时代需求的不同，将他们完全分化成两个极端来描述，一个神，一个怪。新的雅典娜变成了宙斯的亲女儿，旧的雅典娜变成了美杜莎，成了福耳库斯的女儿，戈耳工三女妖之一。分化的根本原因则是海神波塞冬贪恋美杜莎的美貌，玷污了她。
西方神话中，这样的事情时有发生。
围绕着这个观点，有人认为，西方神话中说宙斯是鹰的化身，赫拉是孔雀的化身，而雅典娜却是两个动物的化身：猫头鹰和蛇。猫头鹰一直以来代表着智慧，可以代表正面的智慧女神本身，而蛇就是指美杜莎这个分身。
