但是齐泰、黄子澄却怀疑燕王装病，他们一面派人到北平把燕王的家属抓起来，一面又秘密命令北平都指挥使张信带兵逮捕燕王，还约定燕王府的一些官员当内应。不料张信是站在燕王一边的，反向燕王告密。
燕王得到消息，就把王府里充当建文帝内应的官员全抓起来，宣布起兵。燕王是个精明人，知道建文帝毕竟是法定的皇帝，公开反叛，对自己不利，就找个起兵的理由，说要帮助建文帝除掉奸臣黄子澄、齐泰。历史上把这场内战叫做“靖难之变”（靖难是平定内乱的意思）。
燕王本来有带兵打仗的经验，手下有一支经过训练的精兵。他起兵南下，很快攻下了一些据点，许多州县的官员纷纷投降。建文帝害怕起来，撤了齐泰、黄子澄的职，想要燕王退兵。燕王哪肯罢休。
这场内战，差不多打了三年，到了公元1402年，燕军在淮北遇到朝廷派出的南军的抵抗，打得十分激烈。有些燕军将领主张暂时撤兵，燕王说：“这次进军，只能进，不能退！”
没多久，燕军截断南军运粮的通道，发起突然袭击。南军就一败涂地了。
燕军势如破竹，进兵到应天城下。建文帝见形势紧急，一面要将士拼死守城，一面派人向燕王求和，愿意割让土地，请求燕王退兵，又遭到燕王的拒绝。
过了几天，守卫京城的大将李景隆打开城门投降，京城终于被燕军攻破。
燕王带兵进城，只见皇宫大火熊熊，正在燃烧。燕王赶快派兵把大火扑灭，已经烧死了不少人。他查问建文帝的下落，有人报告说，燕兵进城之前，建文帝下命令放火烧宫，建文帝和皇后都跳到大火里自杀了。
燕王朱棣即位，这就是明成祖。到了公元1421年，明成祖迁都北京。打那时候起，北京一直成为明朝的京城。
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