赤瓜礁之战虽说我们取得胜利，但在之后并未减缓越南侵我南沙岛礁的步伐，反而刺激并加快了他们掠夺我南沙岛礁的步伐。下图详细列出了越南在赤瓜礁海战后占领我南沙岛礁的具体时间及岛礁名称。
究其原因就是由于南沙地区距本土较远，中国海军的空中力量不能有效覆盖南沙群岛，对南沙区域还缺乏足够的空中保护。南沙离三亚很远，当时西沙也没有机场，飞机从最近的陵水机场起飞，到达南沙的滞空时间也就4～5分钟，这么短的时间解决不了问题就得回去，要不就没油了，这也就促成了我国紧急进行西沙机场建设。为此，赤瓜礁海战后不久，我国在湛江设立了前线指挥所，以加强我南沙海域的应急反应能力。随后，我国七届人大正式宣布了建立海南省的决定，并且明确指出：西沙、南沙及其附近海域的管辖权归海南省。外交部再一次重申：西沙群岛和南沙群岛自古以来就是中国领土，历来在中国广东省政府的管豁之下。现将这两个群岛划归新设立的海南省管辖，完全是中国的内部事务，越南当局根本无权干涉。
此次海战结束后，越军迫于中国海军的压倒性优势，并未有任何反击措施。从此我们在南沙群岛站稳了脚跟，填补了建国40年来都没能在南沙群岛拥有实际控制权的空白。此后的永暑礁海洋观测站建站工程再无干扰，于1988年8月顺利完成。挟海战胜利余威，中国海军随后由接连收复东门、南薰、渚碧等三个岛礁，在南沙群岛共切实控制六个岛礁，使我海军在南沙有了立锥之地。下图是目前南沙岛礁各方的实际控制图。
面对复杂纷乱的南沙争议，中国一直都采取自我克制态度，从1990年起，对南沙争议正式提出“搁置争议，共同开发”的政策。这并不是因为中国的国力军力不及其他争端各国，而是国内建设需要一个和平的周边环境，需要友好合作的周边邻邦关系。所以缓和紧张局势，避免矛盾冲突，搁置争议，共同开发，同时进一步加强争端各方之间的经济合作关系。随着这些国家之间经济合作关系的加强，彼此理解的加深，既能维护我国的主权和海洋权益不受侵害，又不致影响整个东南亚地区的繁荣与稳定。
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