20世纪80年代末，一支包括考古学家、动物学家和营养学家在内的共45名学者组成的多学科考察队，踏遍了即使是盗墓贼也不敢轻易涉足的，常有美洲虎和响尾蛇出没的危地马拉佩藤雨林地区，用了六年时间对约二百多处玛雅文明遗址进行了考察，结论是：玛雅文明是因争夺财富及权势的血腥内战，自相残杀而毁灭的。这些学者认为，玛雅人并非是传说中那样热爱和平的民族，相反，在公元300年至700年这个全盛期，毗邻城邦的玛雅贵族们一直在进行着恐怖的争权夺利的战争：战卒们用矛和棒作兵器，袭击其他城市，其目的是抓获俘虏，并把他们交给己方祭司，作为向神献祭的礼品。这种祭祀正是玛雅社会崇拜神灵的标志。
玛雅社会一度相当繁荣，农业、手工业以及商业贸易都非常发达，但自公元7世纪中期开始，玛雅社会衰落了。战争永无休止，生灵涂炭，贸易中断，城毁乡灭，最后只有10%的人幸存下来。 公元761年，杜斯·彼拉斯城的王宫覆灭可视为玛雅社会衰落的一个起点。杜斯·彼拉斯是方圆1500英里内的中心城邦。它遭到从邻近托玛瑞弟托城来的敌人的攻击，随后是斩草除根的大屠杀。胜利者举行了“终结典礼”，砸烂了王座、神庙和刻板。一些贵族逃到附近的阿瓜迪卡城——这是一个巨大裂缝环绕的天然要塞。他们在那里苟延残喘了40年，最后还是遭到灭顶之灾。
公元800年，阿迪卡已是一座鬼城。公元820年以后，玛雅人舍弃了这片千年间建立了无数城市的佩藤雨林，再也没有返回这片文明的发源地。 据科学家最新研究显示，促使玛雅文明失落的罪魁祸首可能是干旱，而且这种干旱具有某种时间规律性，与太阳活动的周期有关。太阳活动的周期事实上变动的幅度大约仅有百分之一，但却足以造成玛雅文明的心脏地带—— 尤卡坦半岛严重的干旱发生。
从来自北尤卡坦奇强卡纳普湖采集而来的沉积物中，研究者发现高浓度硫酸钙沉积层周而复始地出现，硫酸钙的成因是大量的水分从地表蒸发后而留下的，相隔的时间大约为200年，也就是说大约200年左右尤卡坦半岛上会出现一次严重的干旱，这与目前已知的太阳活动的周期长度为206年非常吻合。 科学家在研究过程中，将玛雅文明的发展与太阳活动的周期一起比较发现，每次遇到干旱发生玛雅社会文明的发展便有趋缓的现象。而玛雅人又是非常依赖降雨以及地表水源生活的，长期严重的干旱足以使他们的文明中断玛雅人并最终只能走向灭亡。
每一种说法都似乎很有道理，但正如法国人克罗齐所说，“任何历史都是当代史”，每一种说法也都无可避免地带上了研究者个人的烙印。玛雅人的消失，不可能只是一种成因的单独作用，撇开外星移民、集体投海等等看起来荒诞不经的推测，农民起义、人口骤降、资源匮乏、地力衰竭、环境恶化、丛林侵蚀等等，这些因素都可能发生作用。至少现在，还没有人能真正揭开玛雅人消失之谜。
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