这样的大动作，引起了有关部门的重视，中国社会科学院历史研究所于1996年7月，根据上级领导的指示成立了李自成结局研究课题组，用了一年多的时间，搜集了与李自成之死有关的大量文献记载和文物资料，并到有关地区作实地考察。1997年5月底，课题组邀请主张李自成禅隐夹山寺和主张李自成被害于湖北通山的两派代表，在北京举行了关于李自成结局问题学术讨论会，向大会提交了研究报告《李自成结局问题的由来和发展》。
报告认为，李自成兵败之后的结局问题，文献记载歧异甚多。经两百多年清代众多学者的考证，淘汰误记和伪说，共同结论是：李自成领导的农民起义军先后在山海关、潼关大败之后，顺治二年正月由西安撤退，向东南方向转进。从内乡、邓州、承天，直到武昌，被清军八旗劲旅穷追猛打，屡战屡败。
从武昌沿长江水陆两路兼程溃逃，在富池口被清军追及，又遭到一次毁灭性的打击，损失惨重。乃放弃全部船只，登岸分散突围。四月下旬九江西之战败后，李自成亲自率领大约万余人的一支小部队，为清军八旗劲旅紧追不舍，一直追到九宫山区。围追李自成的清军将领，有传记可查的至少有九人，从其职衔推算，大约一万多人。
李自成率少数亲随突围，又遭到南明节制下的乡勇伏击，于清顺治二年五月初遇害于湖广兴国州通山县九宫山，即今湖北省通山县九宫山。至于李自成遁入空门的各种说法，从乾隆年间开始，不断受到清代学者的批评，认为李自成遁入空门和黄巢遁入空门一样，没有可信的证据。民国年间，许多知名学者，就此进行了更深入的考证，充实了清代学者的考证。
课题组用了大量的时间和精力，研究奉天玉和尚的有关文物，并邀请文物专家举行座谈。经研究后认为，所有的文物没有一件可以证明奉天玉和尚是李自成，恰恰相反，石门(包括邻县)一带出土的和征集的文物，都有力证明奉天玉和尚不是李自成。
至于闯王陵里署名毛泽东的碑文，并不是毛泽东为石门夹山寺的奉天玉和尚“墓”题写的。1944年4月29日，毛泽东在读了健侯写的以李自成起义为题材的历史小说后，写信给李鼎铭先生，信中写道“大顺帝李自成将军所领导的伟大的农民战争，就是二千年来几十次这类战争中的极著名的一次。
这个运动起自陕北，实为陕人的光荣，尤为先生及作者健侯先生们的光荣”。石门博物馆的工作人员从中截取了“大顺帝李自成将军”八个字由横书改为直书，并刻成碑，立在石门夹山寺的所谓“闯王陵”内。关于郭沫若的种种，也纯属子虚乌有。由此来揭秘吧认为，李自成遁入空门的说法恐怕是有些人一厢情愿的成分居多，而不是历史的真相。
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