随着调查组对押解来京的嫌犯反复地交叉审讯，翻供的案犯越来越多，官员们越审心越惊，他们终于发现整个叫魂案根本就是一场冤案，而且冤狱的程度大大超出了他们的想象。
整个叫魂案件的关键角色山东巡抚富尼汉更是受到了调查组的质疑。刘统勋其实早就怀疑那些口供的真伪。因为虽然富尼汉一直否认对犯人用刑，可是，那些从山东省衙移送到北京和承德的犯人，几乎个个身受重伤，像张四那样因伤势过重死在牢狱里的也不在少数。
最后，富尼汉交由吏部处理，他因向乾隆隐瞒“审讯时曾用刑”的罪名而被贬为山西布政使。
调查组的六十三位大臣毕竟是国之重臣，为了避免整个朝廷陷入更大的尴尬，刘统勋等人联名上书，规劝皇帝停止清剿。案件缺乏真凭实据，再加上大臣们言辞恳切的规劝，乾隆毕竟不是昏君，他终于接受了大臣们的建议。
11月1日，乾隆从承德避暑山庄回到北京城。两天后，他就降旨停止了对叫魂案的清剿。
停止清剿的圣旨一下，特别调查组的官员们就知道可以了结这些令人难堪的案子了。嫌犯的释放迅速而干脆。首先获释的是在萧山县几遭刑残的和尚们和苏州的那三个乞丐。但是，三个乞丐中，除了陈汉如还活着，丘永年和张玉成早就死于狱中。湖州法云庵的和尚净庄也被判无罪，渔夫张子法无端盘诘僧人，被责令赔偿和尚们的一切损失外，还将被枷示两个月，以儆效尤。
在故事最初出现过的石匠吴东明，9月重新被捕，10月抵达承德时， 特别调查组的官员在审问他时， 倒是问出了一个此前从未被人留意过的线索。修筑德清水门这个工程，是吴石匠打败了一伙外县来的石匠而竞争到的。于是有传言说，那伙外县石匠心生不满，在吴石匠等人必经路段“作法埋丧”，就是杀死一只公鸡埋在路边———这个很可能就是春天杭州地区叫魂大恐慌爆发的起因。
不过， 吴石匠表示从未听说外县石匠对自己心有不满，也没有听过“埋丧”的谣言。他和计兆美、沈士良等人一起被遣回乡里释放。至此，故事中最初出现的那些角色，终于都如释重负地退出了历史记录。
