国际检察局组成了一个指挥委员会挑选被告。首先是犯罪年代的确定。根据梅汝璈的回忆，犯罪的起点从“二战”的标志事件偷袭珍珠港一路往前推算，有人提议到“卢沟桥事变”，有人提议到“九一八事变”，但是“九一八事变”的前奏是日本人在皇姑屯炸死了张作霖，从那个时候日本侵占全中国的企图心就暴露无遗了。所以，最后犯罪的起点时间定在了1928年。
其次，挑选也确定了标准。委员会成员索利斯·霍维茨回忆，包括嫌疑人是否以侵略战争政策为己任，是否在起诉所涉期间代表某种日本权威机构，是否被看作战争罪行的事件中作为一个负有责任的主要政治人物，以及检方是否有足够的证据来起诉。最终的起诉名单一共28人。
梅汝璈对这个名单的评价是“差强人意”。“九一八事变”的策划人之一石原莞尔没有被选为被告人，连石原自己都觉得奇怪。因为名单的雏形是以“珍珠港事件”时东条内阁成员作为被告，再进行增减的。从美国立场出发，美国利益的阴影始终笼罩在远东国际军事法庭上。除了这28名被告，还有大约60名甲级战犯嫌疑人关押在巢鸭监狱里，本来打算再设立军事法庭审判这些人。可是，东京审判耗时太久，赶上美苏对立苗头的显现，美国失去了追究日本战争罪行的热情，甲级战犯嫌疑人都被释放了，右翼思想没有经过审判和改造，重回政坛，这其中就有东条内阁工商大臣、1957年任日本首相的岸信介。
东京审判
市谷台已经进入初夏，道路两旁的樱花树变得翠绿，可氛围是荒凉的。尚未烧毁的陆军省总部周围被围上铁丝网，这里将作为远东国际军事法庭的审判厅。
从逮捕东条英机开始，检方经过接近8个月的证据准备，远东国际军事法庭终于开庭。这天是1946年5月3日。早上8点42分，一辆巴士到达门口，前后紧跟着两辆银白色的宪兵专用吉普车。26名战犯被告到达，另外两名战犯板垣征四郎和木村兵太郎正在押解回日本的路上。这个历史时刻，只有住在附近的十几个人围观。东京人正忙着在废墟上重建自己的生活，没时间来关注战犯的巴士。
起诉书很长，英文版有40多页，主文14页，其余是附录，一共有55条罪状。全体检察官都在上面签了字。法庭念完它们花了将近两天的时间。
法庭实际上审判的是日本15年里推行的一整套国策，起诉书的开头写的是：“在那个时期，一伙军事犯罪分子控制并操纵了日本的对内和对外政策。这些政策导致了全球性的严重混乱和侵略战争，给所有爱好和平的人民以及日本人民本身造成了重大损失。”除了日本国策，还控诉了：“日本人民的整体精神受到某些危险观念的系统性毒害，以至于认为日本民族优越于亚洲其他民族，甚至优越于世界其他民族。日本并非没有国会，但是国会机构已经沦为大规模侵略的工具，他们推行的一整套制度与希特勒和纳粹党派在德国以及法西斯政党在意大利建立的制度如出一辙。日本将大部分经济和财政资源都用于发动战争，全然不顾日本人民的切身利益。”
《朝日新闻》详细描述了被称为“前五位大佬”的战犯的表情：正对着韦伯审判长的是东条英机，他表情僵硬，下颚努力向前伸，气势压倒被告席，掏出手帕擤鼻涕的声音，记者席都听得到，每到“侵略战争”这一说法的时候，就耸耸肩；松冈洋右看上去很虚弱，拄着拐杖、耷拉着脑袋，脸色乌青浮肿，额头上一条隆起的如蚯蚓般的血管清晰可见；木户幸一咬着嘴唇，认真听宣读起诉书，他气色很好，大概因为巢鸭监狱的生活，矮小的身体又瘦了一圈，留了长发的大脑袋，显得更加夺目；东乡因为入狱才两天，没有什么变化；板垣从国外被押解到法庭，穿着掉了襟章的军装，只有上衣袖口处还残留着大将的三颗星。一脸漠然的神情。
起诉书之后，按照英美法系进入罪行认否的程序，点到谁的名字，美国士兵就把麦克风拿到谁的面前，因为所有人都否认自己有罪，快得如流水，递麦克风的士兵经常跟不上。28名被告只用了9分钟就完成了这个环节。《朝日新闻》的评论是：“从日本人的角度来看，既然已经列举了如此之多明显的罪状，在认否时再否认罪行，坚持认定自己无罪，未免太过厚颜无耻了。实际上，辩护律师们也担心被告们一副武士态度，会不会对自己不利。”
